Heleen van der Stege heeft na haar promotie in 1997 bij diverse organisaties extern gefinancierd onderzoek verricht op het terrein van de kwaliteit van onderwijs en jeugdzorg en werkt sinds 2007 bij Kenniscentrum Zorginnovatie als senior-onderzoeker en was lid van het projectteam NURSE-CC gericht op de ontwikkeling en evaluatie van verpleegkundige interventies op het terrein van zelfmanagementondersteuning. Zij is programmacoördinator van de onderzoekslijn Zelfmanagementondersteuning & Persoonsgerichte Zorg.
Heleen is als senior onderzoeker betrokken in projecten als Vitaliteit van Zorgprofessionals (binnen het onderzoeksprogramma Vitale Delta werkpakket 4, waarbij in zorginstellingen – via regionale werkgeversorganisaties – de vitaliteit van verpleegkundigen en verzorgenden wordt onderzocht. Heleen heeft expertise opgebouwd in het verrichten van kwantitatief en kwalitatief onderzoek. Naast haar onderzoekswerkzaamheden is zij docent en begeleidt afstudeerders bij de hbo-V en MANP-opleidingen.